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第24期小班:复杂网络相关指标理论及实操专题培训

发布:2021-05-24    浏览:93 次


第24期小班:复杂网络相关指标理论及实操专题培训



2021.07.20-2021.07.25(周二~周日)

主办单位:杭州脑海科技有限公司

协办单位:杭州师范大学心理科学研究院

                     杭州拾睿科技有限公司


1. 内容概括


1) 本期培训班在杭州举办为期6天(7月20日-7月25日)

2) 重点内容(详细内容见课表):

  • 脑功能网络构建及灰质形态协变网络构建

  • 基于图论的脑网络拓扑指标理论及实操(Gretna、BrainNet)

  • 基于Python的复杂网络分析(nibabel、nilearn、bctpy、stasmodels、brainspace)

  • 脑网络论文审稿常见问题

  • 基于体素的形态学分析(CAT12)

  • 一般线性模型介绍及SPM二阶分析及多重比较校正(FWE,FDR,GRF,Alphasim,TFCE)

  • SnPM以及ANOVA

    等等


06月01日-06月06日,第21期小班:多模态磁共振数据分析手把手基础班(点击此处查看详情)

06月22日-06月27日,第22期小班:多模态磁共振数据分析手把手基础班(点击此处查看详情)


2. 课程说明


大脑是一个在结构上和功能上都存在广泛相互连接的复杂网络,为了更清楚地揭示脑的工作机理,功能磁共振成像近年来凭借其非侵入性、无辐射的优势被广泛应用于脑科学的研究中。
目前,神经科学家们充分认识到了构建人脑网络的重要性,并正式提出人脑连接组的概念,以期唤起不同领域的广大科研工作者对该问题的重视。复杂网络理论目前已被应用于神经科学的相关研究中。探究大脑网络的基本属性以及脑区间潜在的拓扑关系为窥探大脑内部的神经活动规律以及各种神经精神疾病的发病机理等重大神经科学问题提供全新的视角。
为了帮助大家更快速地掌握脑网络及相关的数据分析方法,我们拟举办一期专门针对脑网络的数据分析培训班,本次培训班专门邀请了BrainNet的作者,夏明睿老师讲授复杂网络。本期内容涵盖:复杂网络构建、脑网络拓扑指标、使用CAT12进行VBM分析、基于Gretna和Python计算复杂网络及相关统计、脑网络论文审稿常见问题、SnPM以及ANOVA等。本课程为期6天,为确保大家在6天内可以充分的掌握内容,我们承诺:每期都会根据学员人数安排充足的助教,保证手把手指导分析数据注:脑海科技团队一共拥有10余人的助教)。希望协助刚刚接触磁共振成像的科研工作者快速掌握功能磁共振的数据分析原理以及方法,以便能够应用到相关的研究领域中。本次培训面向神经内科、精神科(心理科)、放射科、康复科、消化科、儿科等科室的临床医生,以及各大高校从事脑科学研究的生物医学工程、计算机、数学等专业的研究人员。本次培训班兼具原理与操作,相信6天的学习定会对学员有所助益。
注:请提前一天到会场2021年07月19日(13:30 - 20:00)安装软件、熟悉场地、拷贝资料等。

3. 课程安排

07月

20日

周二


第1天

臧玉峰

贾熙泽

张韬



上午

静息态概论与课程介绍

静息态功能磁共振概述及其在认知与脑疾病的应用前景

课程体系介绍

下午

数据采集注意事项

静息态功能磁共振实验设计注意事项

静息态数据采集注意事项

关于多重比较校正

晚上

数据预处理


静息态数据预处理理论

静息态数预处理操作

07月

21日

周三


第2天

张韬

李仔麒



上午

基于体素的形态学分析

基于体素的形态学分析:原理及应用

横向数据以及纵向数据的形态学分析方法

CAT12软件应用及形态学指标计算

形态学指标与临床指标的相关性分析

下午

基于体素的统计分析及结果呈现

一般线性模型介绍

SPM的二阶分析(T检验)

多重比较校正(FWE,FDR,GRF,Alphasim,TFCE)

图表制作(RESTplus Viewer,MRIcron)

晚上

PYTHON入门与实操

PYTHON环境配置与安装

PYTHON基础语法

PYTHON上机实操与练习

07月

22日

周四


第3

夏明睿

张韬

上午

图论概述及基础知识

神经影像与人脑连接组学:发展与展望

基于图论的复杂网络基础知识

下午

脑功能网络及灰质形态协变网络构建等

脑功能网络和灰质形态协变网络构建方法

脑连接组分析软件Gretna计算部分

晚上

实操复习

自由练习与问题答疑

实操带练复习课

07月

23日

周五


第4

夏明睿

张韬

上午

脑连接组学应用研究及拓扑指标统计方法

脑连接组学计算方法及应用研究

脑网络拓扑指标的统计方法

下午

统计实操、作图简介及脑网络论文审稿常见问题

脑连接组分析软件Gretna统计部分介绍

脑连接组可视化软件BrainNet Viewer简介

脑网络论文审稿常见问题

晚上

脑连接组可视化软件实操及复习课

脑网络可视化软件BrainNet Viewer介绍

Brain network的可视化

Statistical volume file的可视化

BrainNet Viewer其它的可视化功能

自由练习与问题答疑

实操带练复习课

07月

24日

周六


第5

张翼

李仔麒

上午

基于PYTHON语言的复杂网络分析

静息态功能网络的构建流程

静息态功能网络中的常用度量

静息态功能网络中的降维——主成分分析(PCA)

下午

使用nibabel与nilearn构建网络

使用bctpy计算网络度量

使用statsmodels进行统计检验

使用brainspace与nilearn进行可视化

晚上

白天内容复习与答疑

自由练习与问题答疑

实操带练复习课

07月

25日

周日


第6

张韬

上午

SnPM介绍与实操

非参数统计基本概念

非参数统计理论介绍

基于SnPM的统计方

下午

方差分析理论与实操

方差分析介绍

单因素方差分析(between subject & within subject)

2*2设计的双因素方差分析

双因素混合设计的方差分析



备注:请各位学员自带笔记本电脑,建议电脑配置:windows 64位系统、8G以上内存、80G以上剩余硬盘空间。请尽量携带Windows电脑,如果只能使用苹果MAC电脑,请提前使用Bootcmap安装windows 64位系统


4. 讲师简介


臧玉峰医学博士,杭州师范大学心理科学研究院执行院长,杭州师范大学附属医院认知与脑疾病研究中心主任,浙江省认知障碍评估技术研究重点实验室主任。1984年于河北医学院获医学学士学位、1991年于天津医学院获神经外科学硕士学位(导师薛庆澄教授)、2002年于北京大学精神卫生研究所获精神病学博士学位(导师王玉凤教授)。曾经从事临床神经外科工作14年,2002年至今先后在中科院自动化所模式识别国家重点实验室、北京师范大学认知神经科学与学习国家重点实验室以及杭州师范大学工作。主要从事静息态功能磁共振计算方法及其在认知与脑疾病的应用研究。提出“局一致性”和“低频振幅”等方法。带领研究团队开发了REST、DPARSF、REST-GCA、RESTplus等软件。合作发表论文100多篇,被引用>28,000次(谷歌学术),有5篇主要作者论文被引用1116-2366次。共同领导多个国际多中心静息态功能磁共振合作研究。2014到2020年连续7年入选Elsevier“中国高被引学者”(神经科学、心理学),2017、2018年入选Clarivate 高被引学者(神经与行为科学)。

 

夏明睿:北京师范大学心理学部副教授、博导。从事脑影像连接组大数据计算方法及其在神经精神疾病中的应用研究。主持国家自然科学基金面上、青年项目3项,入选北京市科技新星计划,国自然创新研究群体成员,参加国家自然科学基金重大研究计划、科技部863、北京市脑计划等10余项国家和省部级课题。在本领域发表SCI论文53篇,其中以第一/通讯作者在Schizophr Bull、Neuroimage等发表论文25篇,6篇入选ESI top 1%高被引论文,Google总引用5000余次。研发的神经影像连接组可视化软件被哈佛大学、牛津大学等1200多个国内外实验室采用。担任中国心理学会心理学脑成像专业委员会秘书长、委员,中国认知科学学会神经与精神影像专业委员会委员;国家自然科学基金、英国BBSRC基金评审专家;Front Neurosci、Front Hum Neurosci等期刊编委,Neurosci Biobehav Rev、IEEE Trans Med Imaging、Neuroimage、Hum Brain Mapp等四十余个SCI期刊审稿人。入选Elsevier 2020年度中国高被引学者(心理学领域)。

 

张翼:博士生,目前在浙江大学物理学系交叉学科实验室学习,师从唐孝威院士。主要关注长期认知训练对脑的塑造作用,可熟练使用python语言分析功能磁共振数据,尤其擅长对静息态功能网络有关问题的分析。以第一作者发表SCI论文1篇(Cerebral Cortex),SSCI论文1篇(Consciousness and Cognition)。

 

贾熙泽:杭州脑海科技有限公司首席执行官,杭州师范大学助理研究员,中国心理学会积极心理学专委会委员,具有计算机、心理学及神经科学交叉背景。目前主持国自然青年基金项目1项,并作为主要参与人参与多项国自然科学基金项目。主要研究方向为静息态功能磁共振方法学、脑影像Meta分析以及静息态数据分析软件开发。2013年起负责维护REST系列工具包,并开发了RESTplus,该软件的论文目前已发表于Science Bulletin (影响因子9.5分)。静息态功能磁共振论坛(http://www.restfmri.net)管理员。合作发表SCI文章21篇,其中主要作者11篇(第一作者或通讯作者)。Neural Plasticity杂志的guest editor,Frontiers in Neuroscience(SCI医学2区,3年平均 IF 3.69)、Frontiers in Psychology(SSCI心理学2区期刊,影响因子2.0)以及Frontiers in Psychiatry(SCI医学3区,3年平均IF 3.18)杂志的评审编辑,Journal of Magnetic Resonance Imaging、Frontiers Aging Neuroscience、Brain research、Scientific Report等多个杂志的审稿人,曾多次受邀在国内外重要学术会议介绍静息态磁共振数据分析。

 

张韬:脑海科技高级数据分析工程师

 

李仔麒:脑海科技高级数据分析工程师


5. 培训说明


培训班限额招生20人,报满截止。我们会按照缴费顺序安排座位,为方便会务安排,报名敬请从速。考虑到疫情原因,本次培训每名学员每天发1个口罩。学员需要提供杭州健康码(支付宝首页搜索‘杭州健康码’)。


6. 培训费用


费用包括培训费、资料费、培训期间提供快餐、饮品以及点心,交通及住宿费用自理,每人3500元。本培训班开具可以报销的正式发票。可以现场刷公务卡,培训期间谢绝录像。可以银行卡转账或支付宝付款,支付宝账号:19941364880,杨会云

7. 培训地点


培训地点:浙江省杭州市萧山区城厢街道金城路39号紫橙国际创新中心3号楼10楼,脑海科技第3会议室。

8. 报名方式


请将报名回执以及缴费回执发送至srbrain@126.com,我们会联系您。

9. 联系方式


电话咨询:黄国峰 180 7298 0399

微信咨询:黄国峰 180 7298 0399


报名回执表

单位名称(发票抬头)


纳税人识别号(税号)


发票类型(会议费/培训费)


姓名


性别


电话号码


微信


科室/专业


研究方向


银行信息

户名:杭州脑海科技有限公司

账号:3301040160015883146

开户行:杭州银行萧山支行

汇款备注

第24期小班

10. 在线支持服务


脑海科技将为参加培训的学员提供免费的在线支持以及合作服务,确保学员能够熟练掌握脑影像数据处理的相关方法。


获取word版本


1. 扫描二维码

2. 使用百度网盘下载:

链接:https://pan.baidu.com/s/1Q5Bjm0nuowIJFLKhdpYFAg

提取码:ufe8


3. 请加微信:180 7298 0399 索取word文档。


其它培训班:

06月01日-06月06日,第21期小班:多模态磁共振数据分析手把手基础班(点击此处查看详情)

06月22日-06月27日,第22期小班:多模态磁共振数据分析手把手基础班(点击此处查看详情)

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