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第30期小班:Connectivity gradient在脑影像研究中的应用与计算专题培训

发布:2021-06-04    浏览:459 次


第30期小班:Connectivity gradient在脑影像研究中的应用与计算

专题培训



2021.09.21-2021.09.26(周二~周日)

主办单位:杭州脑海科技有限公司

协办单位:杭州师范大学心理科学研究院

                  杭州拾睿科技有限公司


1. 简要说明


1) 本期培训班在杭州举办为期6天(9月21日-9月26日)

2) 内容涵盖:

  • 脑影像Meta分析

  • 脑影像结构数据分析

  • Freesurfer入门

  • Gradient 在影像学研究中的应用

  • Nipype 数据预处理

  • Gradient 的计算

  • Gradient 计算步骤实操

  • Gradient 统计分析

  • 个体形态学脑网络

  • 基于个体形态学脑网络的SVM分类


3) 本课程适合有一定基础的学员,零基础的学员可以报名基础班,如下:


08月03日-08月08日,第26期小班:多模态磁共振数据分析手把手基础班(点击此处查看详情)

08月31日- 09月05日,第29期小班:静息态及结构数据像分析基础班(点击此处查看详情)


2. 课程说明


近年来,功能磁共振成像作为一种无创性医学影像技术被广泛应用于脑科学的研究中。通过运用非线性降维(流形学习)将磁共振功能连接数据的主要特征从高维映射到低维空间并以此研究大脑不同功能模块空间排布规律的方法也得到了越来越多的关注,此类方法也被称作连接梯度(Connectivity gradient),它不仅探究了脑功能网络的整合模式,也为我们进一步探索大脑功能与结构相关的问题提供了一个很有前景的框架,目前已被许多研究者应用到多样化(多模态、跨物种、疾病以及发展等)的研究当中。

为了协助大家更快速的了解连接梯度的相关技术,我们专门举办了此次专题培训,课程为期6天,为确保大家在6天内可以充分的掌握内容,我们承诺:每期都会根据学员人数安排充足的助教,保证手把手指导分析数据(注:脑海科技团队一共拥有10余人的助教)。

 
注:请提前一天到会场2021年09月20日(13:30 - 20:00)安装软件、熟悉场地、拷贝资料等。

3. 课程安排


第1天

周二

9.21








概述及Meta分析

9:00 - 12:00

静息态、任务态及相关技术

脑影像Meta分析及多重比较校正


结构数据分析

14:00 -17:00

脑影像结构数据分析相关软件介绍

脑影像结构数据分析理论讲解

脑影像结构数据分析实操



[晚上]

Linux入门实操及复习

18:00-19:20

Linux入门与实操

19:30-21:30

实操复习白天内容


第2天

周三

9.22


Python语言初学

9:00 - 12:00

Python简介

Python库的基本调用

Python脚本编写

基于Python的fMRI相关函数学习

14:00 -17:00
基于Pyhton的fMRI相关函数调用
基于Python的fMRI数据整理
基于Python的fMRI图像可视化


[晚上]

Freesurfer入门

18:00-19:20

Freesurfer入门及常用命令介绍

19:30-21:30

Freesurfer实操上机

第3天

周四
9.23


Gradient 的介绍

9:00 - 12:00

Gradient 简介

Gradient 在影像学研究中的应用
影像学研究中常用的Python包

Gradient 计算前的准备(一)

14:00 -17:00

数据预处理

Nipype 数据预处理


[晚上]

答疑与实操复习

18:00-19:20

自由练习与问题答疑

19:30-21:30

实操复习白天内容

第4天

周五

9.24

Gradient 计算前的准备(二)

9:00 - 12:00

Gradient 计算步骤概述

Nibabel 影像数据读写

皮层功能连接矩阵的构建

Gradient 的计算

14:00 -17:00

Brainspace

Gradient 计算步骤实操

Gradient 可视化


[晚上]

答疑与实操复习

18:00-19:20

自由练习与问题答疑

19:30-21:30

实操复习白天内容

第5天

周六
9.25


Gradient 统计分析(一)

9:00 - 12:00

Python与Matlab数据互通

Surfstat
线性统计模型的构建

Gradient 统计分析(二)

14:00 -17:00

统计结果查看与分析

统计结果可视化


[晚上]

答疑与实操复习

18:00-19:20

自由练习与问题答疑

19:30-21:30

实操复习白天内容

第6天

周日
9.26




个体形态学脑网络

9:00 - 12:00

个体形态学脑网络的构建方法及原理讲解

基于结构像的个体形态学脑网络的构建实操

基于形态学脑网络构建特征空间

基于个体形态学脑网络的SVM分类

14:00 -17:00

支持向量机(SVM)原理介绍

基于Libsvm的SVM分类实操

SVM的参数调优实操

SVM分类模型的评价指标与参数调优可视化



备注:请各位学员自带笔记本电脑,建议电脑配置:windows 64位系统、8G以上内存、80G以上剩余硬盘空间。请尽量携带Windows电脑,如果只能使用苹果MAC电脑,请提前使用Bootcmap安装windows 64位系统


4. 授课教师


臧玉峰:医学博士,杭州师范大学心理科学研究院执行院长,杭州师范大学附属医院认知与脑疾病研究中心主任,浙江省认知障碍评估技术研究重点实验室主任。1984年于河北医学院获医学学士学位、1991年于天津医学院获神经外科学硕士学位(导师薛庆澄教授)、2002年于北京大学精神卫生研究所获精神病学博士学位(导师王玉凤教授)。曾经从事临床神经外科工作14年,2002年至今先后在中科院自动化所模式识别国家重点实验室、北京师范大学认知神经科学与学习国家重点实验室以及杭州师范大学工作。主要从事静息态功能磁共振计算方法及其在认知与脑疾病的应用研究。提出“局部一致性”和“低频振幅”等方法。带领研究团队开发了REST、DPARSF、REST-GCA、RESTplus等软件。合作发表论文100多篇,被引用>28,000次(谷歌学术),有5篇主要作者论文被引用1116-2366次。共同领导多个国际多中心静息态功能磁共振合作研究。2014到2020年连续7年入选Elsevier “中国高被引学者”(神经科学、心理学),2017、2018年入选Clarivate 高被引学者(神经与行为科学)。


魏伟:杭州师范大学心理科学研究院科研助理,具有工学、心理学以及神经科学的交叉背景,臧玉峰教授课题组成员,跟随吕亚婷老师从事多模态磁共振方法学在缺血性脑血管疾病中应用的研究,以第一或共同作者发表多篇SCI论文,合作开发了基于静息态磁共振时间移位算法的工具包(已被多位研究者应用到临床研究当中),即将进入巴黎大学 Integrative Neuroscience & Cognition Center (INCC) 以及法国国家科学研究中心 (Centre national de la recherche scientifique, CNRS)的 Cognitive Neuroanatomy Lab 继续博士阶段的研究学习,主要研究方向聚焦于Connectivity gradient及其应用。


贾熙泽:杭州脑海科技有限公司首席执行官,杭州师范大学心理科学研究院副研究员(兼职)。研究兴趣为:静息态方法学、基于脑影像的Meta分析以及脑影像技术在积极心理学中的应用。现任中国心理学会积极心理学专委会委员,师从任俊教授从事积极心理学研究。具有计算机、心理学及神经科学交叉背景。目前主持国自然青年基金项目1项,并作为主要参与人参与8项国自然科学基金项目。基于REST,在臧玉峰教授的指导下开发了RESTplus工具包,相关论文2019年发表于Science Bulletin(影响因子 9.5分,30次引用),静息态功能磁共振论坛(restfmri.net)管理员。合作发表SCI文章22篇,主要作者12篇(第一作者或通讯作者)。Neural Plasticity杂志的guest editor、Frontiers in Neuroscience(SCI医学2区,3年平均IF 3.69)、Frontiers inPsychology(SSCI心理学2区期刊,影响因子2.0)以及Frontiers inPsychiatry(SCI医学3区,3年平均IF 3.18)杂志的评审编辑,Journal of Magnetic Resonance Imaging、Frontiers Aging Neuroscience、Brain research、Neuroimage:Report、Scientific Report等多个杂志的审稿人,曾多次受邀在国内外重要学术会议介绍静息态磁共振数据分析


张韬脑海科技高级数据分析工程师


孙家伟:脑海科技高级数据分析工程师


李仔麒:脑海科技高级数据分析工程师


黄国峰:脑海科技高级数据分析工程师


5. 培训说明


培训班限额招生20人,报满截止。我们会按照缴费顺序安排座位,为方便会务安排,报名敬请从速。考虑到疫情原因,本次培训每名学员每天发1个口罩。学员需要提供杭州健康码(支付宝首页搜索‘杭州健康码’)。


6. 培训费用


费用包括培训费、资料费、培训期间提供快餐、饮品以及点心,交通及住宿费用自理,每人3500元。本培训班开具可以报销的正式发票。可以现场刷公务卡,培训期间谢绝录像。可以银行卡转账或支付宝付款,支付宝账号:19941364880,杨会云

7. 培训地点


培训地点:浙江省杭州市萧山区城厢街道金城路39号紫橙国际创新中心3号楼10楼,脑海科技第3会议室。

8. 报名方式


请将报名回执以及缴费回执发送至srbrain@126.com,我们会联系您。

9. 联系方式


电话咨询:黄国峰 180 7298 0399

微信咨询:黄国峰 180 7298 0399


报名回执表

单位名称(发票抬头)


纳税人识别号(税号)


发票类型(会议费/培训费)


姓名


性别


电话号码


微信


科室/专业


研究方向


银行信息

户名:杭州脑海科技有限公司

账号:3301040160015883146

开户行:杭州银行萧山支行

汇款备注

第30期小班

10. 在线支持服务


脑海科技将为参加培训的学员提供免费的在线支持以及合作服务,确保学员能够熟练掌握脑影像数据处理的相关方法。


获取word版本


1. 扫描二维码

2. 使用百度网盘下载:

链接:https://pan.baidu.com/s/1Hslh-OehOPaF6JV0qLN_cQ

提取码:nhkj


3. 请加微信:180 7298 0399 索取word文档。


多模态基础班

注:基础班每期课程并不完全一样,其中,26期包含使用AFNI做激活分析及MVPA技术。27期及29期的课程包含FNC技术(不包含任务态)。

08月03日-08月08日,第26期小班:多模态磁共振数据分析手把手基础班(点击此处查看详情)

08月31日- 09月05日,第29期小班:静息态及结构数据像分析基础班(点击此处查看详情)


脑白质专题培训:

07月13日-07月18日,第23期小班:脑白质功能网络构建及拓扑属性分析专题培训(点击此处查看详情)


复杂网络专题培训

07月20日-07月25日,第24期小班:复杂网络相关指标理论及实操专题培训(点击此处查看详情)


脑结构数据分析-Freesurfer专题培

7月27日-8月01日,第25期小班:脑结构数据分析-Freesurfer专题培训(点击此处查看详情)


任务态功能磁共振数据分析专题培

08月10日-08月15日,第27期小班:任务态功能磁共振数据分析专题培训(点击此处查看详情)


弥散张量成像专题培训,内容涵盖,DTI、DKI、TBSS、确定性追踪、概率性追踪、基于白质纤维的网络构建等:

08月24日-08月29日,第28期小班:弥散张量成像(DTI)指标及纤维追踪专题培训(点击此处查看详情)



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